本校創設於民國五十年八月，原名為「雲林縣立北港初級中學水林分部」，於民國五十二年十月二十四日，正式獨立設校為「雲林縣立水林初級中學」，至五十七年八月一日起改制為「雲林縣立水林國民中學」。
自從台灣光復以來，政府全力建設，農村經濟更繁榮，人民生活普獲改善，對教育日趨重視，升學競爭隨之激增，尤為本鄉處於沿海地區，各國民小學畢業生升學無門，人才堵塞趨嚴重，政府有鑒於此，遂有於本鄉設立一所中學之計劃，及由前鄉長余仁配先生，首任會長楊木先生與地方熱心教育人士同心協力，收回鄉有地達四甲籌款建校，是為本校創建之濫觴。分部主任一職派郭炳煌先生擔任，郭主任以身作則，建樹良多，迄民國五十二年規模粗具，符合獨立設校標準，乃於同年十月二十四的正式奉准獨立為「縣立水林初級中學」並由分部主任郭炳煌升校長，加強充實各種設備，逐年增建教室擴充班級，延聘優良教師致力學校經營，民國五十四年八月兼辦口湖分部，規模愈臻完善。
民國五十七年八月一日實施九年制國民教育，改制為「雲林縣立水林國民中學」， 五十八年八月郭炳煌先生奉調元長國中，由元長國中校長王淵景接掌本校，其諄諄善誘，認真經營，校譽日隆。六十一年八月設立蔦松分部。六十八年九月王淵景校長奉令調建國國中，由劉明章先生接任本校第三任校長，其本著一切為教育，一切為師生的犧牲奉獻精神，致力學校各項建設，深獲上級及地方人士讚譽。
劉校長於民國七十八年二月榮調馬光國中，同時，縣令本校教務主任許文權代校長。七十八年九月，由楊明芳先生接任本校，楊校長以校為家教育精神，使學校建 設一日千里，尤對培養學優良讀書風氣及生活教育之改善，更為地方人士所嘉許，楊校長於八十二年八月榮調建國國中。由東石國中校長顏勝堂於八十二年九月街 任，力行實踐「勤讀書、有禮貌、愛整潔、守紀律」的教育要求盼期建立優良校風。八十八年二月顏校長榮調嘉義東石國中，八十九年八月呂松林校長到校接篆視 事,開明領導建立優良校風，學校校務運作順暢，績效顯著。九十四年八月呂忠儀校長接任，倡導讀書風，同仁鼎立以赴，績效斐然。
九十六年二月，翁居易校長接任， 重視品德教育，將學校的規模擴增至十八班。九十九年八月陳勝雄校長接任，組成水林國中管樂隊。一百零二年八月孫明山校長接任，推廣水林在地文化烏克麗麗。現任校長林玉彬在109學年度接任，在歷任校長們奠定的基礎下，以「全人教育、五育均衡」為理念，來營造「人文搖籃、知識殿堂」的友善校園。更融入鄉里共同願景，提出「重文化、教子女、水林鄉、尚傑出」的生命共同體意識，感謝陳鄉長的認同，編列水林鄉優秀學生入學獎金，來鼓勵本地學生就讀水林國中。更加上教育部「免試入學」的政策，水林國中必有璀燦的未來可期。
本校創立迄今六十餘載，承蒙各級長官、地方人士及家長們認同、支持與協助，及全體師生與家長會長黃榆斯先生的齊心努力下，本校已具二十一世紀的新教育、新思維的格局。教育乃百年樹人為大計，任重道遠，尚祈各級長官暨地方人士關注指導，期達成政府實施十二年國民教育之目標，並提升地方文教水準。