本校創設於民國五十年八月，原名為「雲林縣立北港初級中學水林分部」，於民國五十二年十月二十四日，正式獨立設校為「雲林縣立水林初級中學」，至五十七年八月一日起改制為「雲林縣立水林國民中學」。
自從台灣光復以來，政府全力建設，農村經濟更繁榮，人民生活普獲改善，對教育日趨重視，升學競爭隨之激增，尤為本鄉處於沿海地區，各國民小學畢業生升學無門，人才堵塞趨嚴重，政府有鑒於此，遂有於本鄉設立一所中學之計劃，及由前鄉長余仁配先生，首任會長楊木先生與地方熱心教育人士同心協力，收回鄉有地達四甲籌款建校，是為本校創建之濫觴。分部主任一職派郭炳煌先生擔任，郭主任以身作則，建樹良多，迄民國五十二年規模粗具，符合獨立設校標準，乃於同年十月二十四的正式奉准獨立為「縣立水林初級中學」並由分部主任郭炳煌升校長，加強充實各種設備，逐年增建教室擴充班級，延聘優良教師致力學校經營，民國五十四年八月兼辦口湖分部，規模愈臻完善。
民國五十七年八月一日實施九年制國民教育，改制為「雲林縣立水林國民中學」， 五十八年八月郭炳煌先生奉調元長國中，由元長國中校長王淵景接掌本校，其諄諄善誘，認真經營，校譽日隆。六十一年八月設立蔦松分部。六十八年九月王淵景校長奉令調建國國中，由劉明章先生接任本校第三任校長，其本著一切為教育，一切為師生的犧牲奉獻精神，致力學校各項建設，深獲上級及地方人士讚譽。
民國七十八年二月，劉校長調任馬光國中 ，由教務主任許文權代行校長職務 。同年九月，由楊明芳先生接任校長，楊校長以校為家教育精神，使學校建設一日千里，尤對培養學優良讀書風氣及生活教育之改善，更為地方人士所嘉許，民國八十二年八月，楊校長榮調建國國中 。由東石國中顏勝堂校長於同年九月接任 ，推行「勤讀書、有禮貌、愛整潔、守紀律」以建立優良校風 。八十八年二月顏校長榮調嘉義東石國中。
民國 八十九年八月，呂松林校長到校接篆視事，以開明領導建立優良校風 ，校務運作順暢，績效顯著。九十四年八月呂忠儀校長接任，倡導讀書風，成效斐然 。九十六年二月，翁居易校長接任， 重視品德教育，並將學校的規模擴增至十八班。九十九年八月陳勝雄校長接任，組成水林國中管樂隊，增添學校特色 。一百零二年八月，孫明山校長接任，推廣在地文化與烏克麗麗教學 。一百零九學年度起，由林玉彬校長接任。秉持「教育乃成人之美，積德之業」的理念，推動校園安全、全人教育與社區合作，並申請加入成為海線第一所雙語示範中學，持續開創學校新格局。
一百一十三學年度起，由陳勝雄校長回任，延續歷任校長成果，持續深化雙語教育、藝術人文與在地特色課程，並以健全師生成長與社區連結為目標，帶領水林國中邁向新的里程碑。